A finales de diciembre el movimiento fue delatado y entre los días 11 al 21 de enero de 1960 el Servicio de Inteligencia Militar realizo una amplia redada apresando a más de 400 personas en su mayoría dirigentes y simpatizantes del movimiento.
Se desato una cruel represión contra los miembros del 14 de junio que produjo un sentimiento de indignación generalizada en la población dominicana aumentando significativamente los niveles de descontento ya existentes.
En 1963 se convirtió en la tercera fuerza política de entonces y la principal organización anti-imperialista. Había alertado de la posibilidad del golpe de estado dado a Juan Bosch a través de su líder Manuel Tavares Justo.
Instalado el gobierno del Triunvirato, el movimiento orientado por su líder, dio inicio la noche del 28 de noviembre a una insurrección, con 6 frentes guerrilleros, 2 de ellos tenían el propósito del retorno al orden institucional y la reposición de la Constitución del 63.
Hacia el 1965, ya muerto su líder, presos y deportados otros, el “14 de junio” registraba una critica situación interna que le hacia peligrar como organización de masa.
Aun con su crisis interna tuvo una protagónica integración a la lucha en la llamada “Revolución del 25 de abril”, cuando su Comité Central Provisional tomo la decisión de profundizar el movimiento armado en desarrollo.
Su influencia política era tal que aun así llego a dirigir la mayor parte de los Comando, forma de organización armada que se dio el pueblo para enfrentar a la contra-revolución criolla y extrajera.
Terminada la Guerra de Abril, se agudizo la crisis del movimiento, donde se decía que su papel ya había llegado a su fin, esta crisis culminaría con su desintegración en 1968.
Himno del 14 de junio
Llegaron llenos de patriotismo
Enamorados de un puro ideal
Y con su sangre noble encendieron
La llama augusta de la libertad.
Su sacrificio que Dios bendijo
Con homenaje a los valientes
Que allí cayeron por la libertad.
14 de junio gloriosa gesta nacional
Tus mártires están en el alma popular
Hermanas Mirabal, heroínas sin igual
Tu grito vibrante es el alma de la Patria inmortal.
Llegaron llenos de patriotismo
Enamorados de un puro ideal
Y con su sangre noble encendieron
La llama augusta de la libertad.
Su sacrificio que Dios bendijo
Con homenaje a los valientes
Que allí cayeron por la libertad
